Genomik test, sadece genlerinizden daha fazlasına, genlerinizin nasıl etkileşime girdiğine ve bu etkileşimlerin sağlığınız için ne anlama geldiğine bakan bir test türüdür.
Genomik testler genellikle genetik testlerle karıştırılır. Temel fark, genetik testlerin tek bir gen mutasyonunu (meme ve yumurtalık kanseri ile ilişkili BRCA1 ve BRCA2 mutasyonları gibi) tespit etmek için tasarlanmış olması, genomik testlerin ise tüm genlerinize bakmasıdır.
Genlerinizin nasıl sıralandığı ve birbirlerini nasıl etkiledikleri dahil olmak üzere genetik yapınıza daha geniş bir bakış atarak, genomik testler vücudunuzun moleküler düzeyde nasıl çalıştığına ve bunun hastalık riski, ilerlemesi veya tekrarlama.
Genomik testler, bir tümörün nasıl davranacağını belirlemek için kanser tedavisinde yaygın olarak kullanılır. Bu, sağlık hizmeti sağlayıcılarının kanserinizin ne kadar agresif olacağını ve vücudun diğer bölgelerine yayılma (metastaz yapma) olasılığının olup olmadığını tahmin etmelerine yardımcı olabilir.
Genomik testler, tedavileri, ürünleri ve uygulamaları kişiye göre özelleştirmeyi amaçlayan kişiselleştirilmiş tıbbın geliştirilmesinde merkezi bir araçtır.
Genetik ve Genomik
Genetik ve genomik, genlerle ilişkili olsa da, tamamen farklı amaçları ve uygulamaları vardır.
Genetik
Genetik, genlerin bir birey üzerindeki etkilerinin incelenmesidir. Genler, vücuda proteinlerin nasıl yapılacağına dair talimatlar sağlar; proteinler sırayla vücudun her hücresinin yapısını ve işlevini belirler. Genler, “bazlar” adı verilen bir dizide düzenlenen DNA adı verilen yapı taşlarından oluşur. Bazların sırası veya dizilimi, hangi talimatların ne zaman gönderileceğini belirleyecektir.
Pek çok gen, spesifik proteinler üretmek için kodlanmış olsa da, diğer kodlanmamış genler, proteinlerin nasıl ve ne zaman üretildiğini (esas olarak belirli genleri açıp kapatarak) düzenler. Bir genin işleyişindeki herhangi bir sapma, hangi proteinlerin etkilendiğine bağlı olarak belirli hastalık riskini etkileyebilir.
Bazı durumlarda, tek bir gen mutasyonu, kistik fibroz, kas distrofisi ve orak hücre hastalığı gibi hastalıklara neden olabilir.
Genetik testler, bir teşhisi doğrulamak, gelecekteki riski tahmin etmek veya bir taşıyıcı olup olmadığınızı belirlemek için ebeveynlerinizden miras almış olabileceğiniz herhangi bir genetik mutasyonu arayabilir.
genomik
Genomik, tüm genler de dahil olmak üzere tüm DNA setinin yapısı, işlevi, haritalanması ve evriminin incelenmesidir. Genetik materyal ve dizilerin tümüne genom denir. Genomiğin amacı, bir genomun işlevini ve yapısını aşağıdakileri yapmak için analiz etmektir:
- Kardiyovasküler sistem ve endokrin (hormon) sistem gibi karmaşık biyolojik sistemlerin birbirini nasıl etkilediğini anlayın.
- Genetik etkileşimler normal biyolojik fonksiyonlara müdahale ederse hangi problemlerin oluşabileceğini tahmin edin
Tümüyle, insan genomunda 20.000 ila 25.000 arasında farklı protein kodlayan gen ve kabaca 2.000 kodlanmamış düzenleyici gen vardır.
Genomik önemlidir, çünkü bazı insanların neden bazı hastalıklara genetik olarak yatkın olduğunu anlamamıza yardımcı olur (belirli genlerin nasıl etkileşime girdiğini anlamasak bile). Tek bir genetik yol belirlemek yerine genomik, kanser veya diyabet gibi bir hastalığın gelişimini ve/veya tedavisini etkileyen çok sayıda genetik değişkeni değerlendirir.
Genetikten farklı olarak, genomik kalıtsal mutasyonlarla sınırlı değildir. Genetik yapınızın bir hastalığın seyrini nasıl etkilediğini ve bunun tersine çevre, yaşam tarzı ve ilaç tedavilerinin bu seyri değiştiren mutasyonları nasıl tetikleyebileceğini tanımlar.
Sağlık hizmeti sağlayıcıları, sürekli değişen bu değişkenleri anlayarak, tedavide genellikle önleyici olarak daha bilinçli seçimler yapabilirler.
Genomik Testin Rolü
Genomik testler, 1990’dan 2003’e kadar ortaklaşa İnsan Genom Projesi ile başlayan bir süreç olan insan genomu hakkındaki mevcut anlayışımıza dayanmaktadır.
Birleşen yıllarda, bilim adamları, hangi genetik anomalilerin yalnızca bir hastalığın gelişimine değil, aynı zamanda hastalığın özelliklerine de dönüştüğünü giderek daha fazla belirleyebildiler. Bunu yapmak, bazı insanların neden daha agresif kanser türleri geliştirdiğini, HIV ile daha uzun yaşadığını veya belirli kemoterapi biçimlerine yanıt veremediğini anlamamızı sağladı.
Genetik testler şüpheli bir genetik durumu doğrulayabilir veya ekarte edebilirken, genomik bize şunları sağlayarak testi bir adım daha ileri götürür:
-
Hastalıkları taramak için risk belirteçleri
-
Bir hastalığın ne kadar hızlı ilerleyeceğini, tekrarlama olasılığını ve bir hastalığın olası sonucunu tahmin etmek için prognostik belirteçler
-
Tedavi seçeneklerine rehberlik etmek ve toksisiteyi önlemek için öngörücü belirteçler
-
Çeşitli tedavilerin etkinliğini belirlemek için yanıt belirteçleri
Genomik, diğer tüm faktörlerden bağımsız olarak genetik yapımızın etkilerine odaklanırken, tek başına kullanılmaz.
Kişiselleştirilmiş tıbba yönelik artan hareket, genel olarak hastalıklara yaklaşımımızı değiştiriyor. Herkese uyan tek bir çözüm yerine kişiselleştirilmiş tıp, her bireye daha özel bir çözüm sunmak için genetik, çevre ve yaşam tarzındaki yüksek değişkenliği hesaba katar.
Test Nasıl Çalışır?
Genomik testler tipik olarak, genetik “sıcak noktaların” (yerleşik mutasyon bölgeleri) analizinden tam gen dizilimine kadar değişen bir hedeflenen gen paneli olarak sunulur. Testler tipik olarak 1988 Klinik Laboratuvar İyileştirme Değişiklikleri (CLIA) kapsamında sertifikalandırılmış özel bir laboratuvarda gerçekleştirilir. Bugün, Amerika Birleşik Devletleri’nde 500’den fazla CLIA sertifikalı genetik laboratuvarı bulunmaktadır.
Çoğu test, bir kan veya tükürük örneği veya yanağınızın iç kısmından bir sürüntü (bukkal yayma olarak bilinir) gerektirir. Testin amaçlarına bağlı olarak, sadece birkaç damla kan veya birkaç şişe gerektirebilir. Kanserli kişiler için bir tümör veya kemik iliği biyopsisi gerekebilir.
Numune alındıktan sonra, sonuçların alınması genellikle bir ila dört hafta sürer. Tedavi edilen duruma bağlı olarak, testin sınırlamalarını ve sonuçların ne anlama gelip ne anlama gelmediğini anlamanıza yardımcı olacak bir genetik danışman hazır olabilir.
Yeni nesil sıralama
Yeni nesil dizileme (NGS), genomik testler için birincil araçtır. “Okuma” adı verilen milyonlarca kısa DNA parçasının genetik dizisini belirlemek ve değerlendirmek için kullanılır. Okumalar daha sonra hangi genetik varyasyonların (varyantların) mevcut olduğunu ve ne anlama geldiklerini belirlemek için tam bir dizi halinde birleştirilir.
NGS son derece esnektir ve kalıtsal bir meme kanseri paneli için olduğu gibi yalnızca birkaç genin veya tipik olarak nadir hastalıkları taramak için araştırma amacıyla kullanılan tüm genomun dizilenmesi için kullanılabilir.
Çoğu varyantın insan sağlığı üzerinde bilinen etkisi çok az olduğundan veya hiç olmadığından, tıbbi olarak anlamlı olan birkaçını belirlemek için filtrelenecektir. Bu değişkenler daha sonra aşağıdakiler arasında değişen beş puanlık bir ölçekte puanlanacaktır:
- İyi huylu (hastalığa neden olmayan)
- Muhtemelen iyi huylu
- belirsiz
- Muhtemel patojenik (hastalığa neden olan)
- Patojenik
Çoğu laboratuvar patojenik ve olası patojenik bulguları rapor edecek olsa da, bazıları belirsiz, muhtemelen iyi huylu ve iyi huylu bulguları da içerecektir. Sertifikalı bir genetikçinin yorumu da dahil edilecektir.
Birincil ve İkincil Sonuçlar
Doğrudan şüphelenilen bir durumla ilgili sonuçlar birincil sonuçlara atıfta bulunurken, tıbbi olarak anlamlı ancak ilgisiz olanlara ikincil (veya tesadüfi) sonuçlar denir.
İkincil bulgular genellikle alakalıdır ve bir kişinin gelecekteki bir hastalığa, taşıyıcılık durumuna veya farmakogenetik bulgulara (vücudunuzun belirli bir ilacı nasıl işlediğine) ilişkin genetik riskini ortaya çıkarabilir. Bazı durumlarda, hangi varyantların paylaşıldığını ve hangilerinin de novo (kalıtsal değil) olduğunu belirlemeye yardımcı olmak için ebeveynlerinizde de testler yapılabilir.
Kanserde Genomik Test
Genomik testlerin gelişimi, hedefe yönelik kanser tedavilerinin yükselişiyle aşağı yukarı birlikte gerçekleşti. Bilim adamları, belirli genetik varyantların normal hücreleri nasıl kanserli hücrelere dönüştürdüğünü anlamaya başladıkça, belirli varyantları taramak için testler geliştirebildiler ve bu genleri hedef alacak ilaçlar geliştirdiler.
Günümüzde genomik testler, meme kanseri ve akciğer kanseri de dahil olmak üzere birçok farklı kanser türünün tedavisinin ve yönetiminin giderek daha ayrılmaz bir parçası haline geldi.
Genetik testler, bir kişinin kanser riskini belirlemeye yardımcı olabilirken, genomik testler, hastalığın özelliği ile ilişkili genetik belirteçleri belirlememize yardımcı olur. Ne kadar hızlı büyüyeceği ve metastaz yapma olasılığı da dahil olmak üzere bir tümörün olası davranışını tahmin etmemizi sağlar.
Bu, bir tümörün hücrelerinin hızlı mutasyona eğilimli olduğu göz önüne alındığında önemlidir. Bir tümörün yükselişinden tek bir genetik varyant sorumlu olsa bile, hastalığın kendisi, bazıları agresif, bazıları değil, birçok farklı yol alabilir. Genetik bir test, maligniteyi tanımlamaya yardımcı olabilirken, bir genomik test, onu tedavi etmenin en etkili yollarını belirleyebilir.
Ayrıca, bir tümör aniden mutasyona uğrarsa, bir genomik test, mutasyonun hedefe yönelik tedaviye açık olup olmadığını belirleyebilir. Böyle bir örnek, erken evre HER2 pozitif meme kanserini hedeflemek ve tedavi etmek için kullanılan Nerlynx (neratinib) ilacıdır.
Meme Kanserinde Genetik ve Genomik Testlerin Karşılaştırılması
-
Bazı hastalıklarla ilişkili olanlar da dahil olmak üzere kalıtsal genetik özelliklerin incelenmesi
-
Genetik, ebeveynlerinizden kanser alma riskinizi belirler
-
BRCA1 ve BRCA2 testi meme veya yumurtalık kanserine yakalanma riskinizi tahmin edebilir
-
Meme kanseri riskinizi öğrendikten sonra, riskinizi aktif olarak azaltmak için adımlar atabilirsiniz.
-
Bazı hastalıklardaki rolleri de dahil olmak üzere, genomdaki genlerin aktivitesi ve etkileşiminin incelenmesi
-
Kanseriniz olduğunda, genomik tümörün nasıl davranacağını belirler.
-
Oncotype DX ve PAM50 meme kanseri testleri, bir tümörün profilini çıkarmak ve kemoterapiye nasıl yanıt vereceğinizi tahmin etmek için kullanılır.
-
Genomik testin sonuçlarına dayanarak, siz ve sağlık uzmanınız, ameliyattan sonra hangi tedavi seçeneklerinin en uygun olduğuna karar verebilirsiniz.
Ev Genomik Testi
Ev genomik testleri, büyük ölçüde 2007’de doğrudan tüketiciye yönelik 23andMe ev genetik kitinin piyasaya sürülmesiyle başlayarak, günlük yaşamlarımıza zaten sızdı.
AncestryDNA ve National Geographic Geno 2.0 testleri gibi bazı evde yapılan genetik testler yalnızca bir kişinin atasını izlemek için tasarlanmış olsa da, 23andMe tüketicilere belirli genetik sağlık bozuklukları risklerini belirleme şansı sundu.
Zorluklarla dolu bir iş modelidir. 2010 yılında, ABD Gıda ve İlaç Dairesi (FDA), 23andMe ve diğer sağlıkla ilgili ev genetik testi üreticilerine, düzenleyicinin federal yasalara göre “tıbbi cihazlar” olarak kabul ettiği cihazları satmamalarını emretti.
Nisan 2016’da, FDA ile yıllarca süren müzakerelerin ardından, 23andMe’ye, bir kişinin aşağıdaki 10 hastalığa yatkınlığı hakkında bilgi sağlayabilen Kişisel Genom Hizmeti Genetik Sağlık Riski testini yayınlama hakkı verildi:
- Alfa-1 antitripsin eksikliği (akciğer ve karaciğer hastalığına bağlı genetik bir bozukluk)
- Çölyak hastalığı
- Erken başlangıçlı birincil distoni (istemsiz hareket bozukluğu)
- Faktör XI eksikliği (bir kan pıhtılaşma bozukluğu)
-
Gaucher hastalığı tip 1
- Glukoz-6-fosfat dehidrojenaz eksikliği (kırmızı kan hücresi bozukluğu)
- Kalıtsal hemokromatoz (bir aşırı demir yükleme bozukluğu)
- Kalıtsal trombofili (bir kan pıhtılaşma bozukluğu)
- Geç başlangıçlı Alzheimer hastalığı
- Parkinson hastalığı
Tükürük bazlı testler, sağlık hizmeti sağlayıcıları tarafından kullanılanlarla aynı düzeyde doğruluk sunar.
Bu ürünlerin avantajlarına rağmen, bazı savunucular arasında, bir tüketicinin izni olmadan genetik bilgilerin paylaşılması durumunda potansiyel ayrımcılık riskine ilişkin endişeler devam etmektedir. Bazıları, ilaç devi GlaxoSmithKline’ın (GSK) 23andMe’nin halihazırda bir yatırımcısı olduğuna ve yeni farmasötik ilaçlar tasarlamak için beş milyondan fazla müşterinin test sonuçlarını kullanmayı planladığına işaret ediyor.
Eleştiriye karşı koymak için 23andMe, FDA’ya sonuçların “kimliksizleştirileceğini”, yani tüketicinin kimliğinin ve bilgilerinin GSK ile paylaşılmayacağı konusunda tavsiyede bulundu.
Discussion about this post